В конце 19 века, когда Осман Хамди–бей послал в провинции циркуляр, самые важные из подвижных артефактов были отправлены в Стамбул, а остальные были предложены для сбора в школах, подходящих для сохранения, многие артефакты которые были собраны из Окрестности Кайсери были взяты под охрану в одной из комнат средней школы Кайсери.1928 г.

Во время визита в Кайсери министр национального образования Эсат–бей увидел эти артефакты и обсудил создание музея с губернатором Кайсери Фуат–беем. После реставрации медресе Махпери Хунат (Хатун) при участии губернатора Фуат Бея, музей открылся 1 марта 1930 года и до 1937 года действовал как «Музей–хранилище». После хронологической и научной классификации произведений он был открыт для публики в 1938 году.

В 1948 году профессор Др. Тахсин Озгуч; принял решение, что это будет построено в новом здании музея, которое в день покупки находится на солнце и куплено с артефактами из систем, раскопанных в Кюлтепе Каниш / Карум, который расположен в 22 км от Кайсери.

Строительство здания музея началось в 1965 году и было открыто для посетителей 26 июня 1969 года. После завершения реставрационных работ замка Кайсери он был перенесен на территорию, построенную для Археологического музея, и открыл свои двери для посетителей 27 сентября 2019 года. Музей археологии Кайсери насчитывает около 40 тысяч этнографических и археологических артефактов.