Külliye, I. Alâeddin Keykubat’ın zevcesi ve II. Gıyaseddin Keyhüsrev’in annesi Mahperi Hatun (Huand) tarafından 1238 yılında yaptırılmıştır. Cami, medrese, kümbet ve hamamdan oluşan Hunat Hatun Külliyesi, Selçuklu mimarisi şaheserlerindendir.

Cami Selçuklu mimari geleneğine bağlı kalınarak minaresiz ve ortası açık şekilde inşa edilmiştir. II. Abdulhamit döneminde orta kubbesi ve minaresi yapılmıştır.

Medrese bölümü kare planlı üstü açık bir avlunun etrafına sıralanmış talebe odaları ve doğuda ana eyvandan oluşur. 1751 yılında Hacı Halil Efendi tarafından bir kütüphane kurulmuş, medrese eğitimi 1917 senesinde son bulunca, buradaki 433 adet kitap Raşid Efendi Kütüphanesi’ne taşınmıştır. 1929 yılından itibaren, Vali Fuad Beyin direktifiyle müze olarak kullanılmaya başlanmıştır. Uzun yıllar Arkeoloji müzesi olarak kullanılan Medrese, 1969 yılında Gültepe'de inşa edilen yeni Kayseri Arkeoloji Müzesi'nin hizmete girmesinden sonra, 1998 yılına kadar Etnografya Müzesi olarak kullanılmıştır. 1998 yılında müze Güpgüpoğlu Konağı’na taşınmış ve Medrese Kayseri Valiliği tarafından bakım ve onarımı yapıldıktan sonra Vakıflar Bölge Müdürlüğü’ne devredilmiş ve hediyelik eşya çarşısı olarak hizmete girmiştir. 2012 yılında ise Kayseri Büyükşehir Belediyesi'ne tahsis olan yapı, Hunat Hatun Kültür ve Sanat Merkezi olarak kullanılmaktadır.

Külliyenin piramit külahlı sekizgen türbesinin içinde üç sanduka bulunmaktadır bölümü içindeki en büyük sanduka Hunat Hatun’a, diğeri ise Sultan Gıyaseddin Keyhüsrev’in kızı Selçuki Hatun’a aittir. Üçüncünün de hanedandan bir hanıma ait olduğu düşünülmektedir.

Külliyenin hamamı çifte hamamdır. Hamamın hem erkekler bölümünün kubbesi hem de kadınlar bölümünün kubbesi tuğla ile inşa edilmiştir. Külliyenin hamam bölümünde yapılan son restorasyon sırasında bazı çiniler ortaya çıkarılmıştır.