Anadolu Selçuklu Devleti Sultanı I. Gıyaseddin Keyhüsrev yapıyı, kız kardeşi Gevher Nesibe’nin vasiyeti üzerine, 1204 yılında inşa ettirmeye başlamıştır. Yapı; tıp medresesi (tıbbiye), şifahane (hastane) ve bimarhane bölümlerinden oluşmaktadır. Gevher Nesibe Medresesi, Anadolu’nun ilk uygulamalı tıp medresesi olması bakımından dikkat çekicidir. “Çifte Medrese” adıyla da anılan medresenin içindeki kümbette Gevher Nesibe’nin kabrinin yer aldığı tahmin edilmektedir. Eski Türklerde ve Selçuklularda akıl hastalarına yönelik su ve müzik sesiyle tedavi uygulanan bimarhane bölümünde hastaların düzenli yıkanabilecekleri hamam da mevcuttur. Yapı, günümüzde Selçuklu Medeniyeti’nin her yönüyle ele alındığı ve bimarhane bölümündeki uygulamaların canlandırmalarla sunulduğu Selçuklu Uygarlığı Müzesi olarak kullanılmaktadır.

Gevher Nesibe Şifahanesi ve Gıyasiye Medresesi Tıp eğitiminin ve uygulamasının bir arada yapıldığı, eğitim ve araştırma hastanesi şeklinde düşünülerek gerçekleştirildiği bir örnektir. Çifte Medrese olarak da anılan yapı Medrese ve Şifahane, dikdörtgen şeklinde birbirine bitişik, açık avluları ile tipik Selçuklu mimarisi planına sahiptir. Batıdaki bina bir şifahane, doğudaki tıp medresesidir.